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115 sites d'intérêt écologique ont été repérés en fonction de la diversité et la rareté des espèces végétales et animales qu'ils abritent. Au total on a recensé plus de 950 espèces végétales supérieures. 
 
Les habitats naturels

La géologie, l’hydrologie et le relief ont engendré les habitats naturels les plus remarquables. Aujourd’hui, on considère en effet que les zones humides et aquatiques, et les espaces ouverts des prairies non surexploitées hébergent la grande majorité des espèces animales et végétales patrimoniales du territoire. L’Homme, par ses gestes et ses usages éco citoyens est le garant de ce patrimoine.  

Le Parc a réalisé en 1995 un inventaire des milieux naturels de son territoire qui s'est traduit par une carte des unités écologiques. Celle-ci fait apparaître une grande diversité de milieux aussi bien ouverts que forestiers. En l'état actuel des connaissances, le Parc recèle entre autres :
  • Plus de 1000 espèces de végétaux supérieurs
  • Plus de 1300 espèces d’insectes, notamment : 49 libellules, 426 papillons, 
  • 44 Orthoptères (sauterelles, criquets) et environ 780 espèces de Coléoptères.
  • 14 espèces de batraciens et 10 espèces de reptiles ;
  • 26 espèces de poissons et 5 écrevisses ;
  • 162 espèces d'oiseaux nicheurs sur les 273 que compte la France
  • 46 espèces de mammifères
115 sites d'intérêt écologique ont été délimités en fonction de la diversité et la rareté des espèces végétales et animales qu'ils abritent. Ainsi, pour ce qui est de la végétation :
  • 200 espèces végétales de valeur patrimoniale :
  • 45 espèces protégées (10 au niveau national et 35 au niveau régional)
  • 20 espèces très rares en Ile-de-France
  • 57 espèces rares en Ile-de-France
  • 98 espèces assez rares en Ile-de-France
Ce patrimoine naturel considérable situe le territoire du Parc parmi les premiers sites d'intérêt écologique d'Ile-de-France, avec la forêt de Fontainebleau, les boucles de la Seine, vers Moisson, et la Vallée de la Bassée.
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